科技树智能矩阵,科技矩阵小说

 桦工科技网    2024-04-02 13:24:24 发布   智能科技

大家好,今天小编关注到一个比较有意思的话题,就是关于科技树智能矩阵的问题,于是小编就整理了2个相关介绍科技树智能矩阵的解答,让我们一起看看吧。

  1. 离散数学:如何根据图求得邻接矩阵和,关联矩阵的集合,告树下方法谢谢啦?
  2. nj树的构建步骤?

离散数学:如何根据图求得邻接矩阵和,关联矩阵的集合,告树下方法谢谢啦?

顶点集合,边集合就是列举下顶点、边就是了,顶点集合是{v1,v2,v3,v4},边集合是{e1,e2,e3,e4}。

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图有4点4边,所以关联矩阵M是4×4矩阵,元素mij表示顶点vi与边ej的关联次数,mij=0或1或2,对应于vi不是边ej的端点,vi只是边ej的一个端点,ej是环,所以M= 1 0 0 1 1 1 0 0 0 1 1 0 0 0 1 1 无向图的邻接矩阵A是4×4矩阵,元素Aij表示顶点vi到vj的边的条数,A= 0 1 0 1 1 0 1 0 0 1 0 1 1 0 1 0

nj树的构建步骤?

1.NJ树的构建步骤包括以下三个主要阶段。

2.NJ树是分子进化分析领域中常用的一种构建进化树的方法。

具体来说,NJ树构建主要分为下面三个阶段:a.距离矩阵的计算,即根据序列间距离计算序列的相似程度,得到距离矩阵。

b.构建初始树,即基于初步的距离信息构建一棵初始树,一般采用UPGMA法。

c.按非严格相对关系修正初始树,即将初始树中的节点两两比较,选择相对关系最好的节点对合并。

重复此过程,直至合并至根节点,得到最终的NJ树。

3.NJ树是通过分析序列间距离和相对关系来确定进化关系的,因此可以用于研究不同物种之间的进化关系,甚至可以分析同一物种内部的不同种群之间的进化关系。

NJ树的构建步骤相对简单,特别是在计算速度方面优于其他进化树构建方法,因此得到了广泛的应用。

1.

建树前的准备 从NCBI数据库上批量下载序列用于MEGA画进化树 将所有目标基因序列或氨基酸序列保存在txt文本文件中(序列格式为FASTA) Multiple Sequence Alignment是构建分子演化树的关键步骤 用于构建演化树的序列必须是同源序列 MEGA7主界面

2.

开始建树 ⑴ 序列文件的导入 (可以通过Data导入数据也可以通过File导入数据) Align → Edit/Build Alignment → create a new alignment →Data→open →Retrieve sequences from File Sequence ⑵ 多序列比对 在比对之前需先选中要进行比对的序列(Shift) 选择muscle或者clustalw进行比对: clustalw 一般用于DNA ,muscle多

需要用tree-puzzle构建ML树但是方法不太会会的朋友,最小进化法)和NJ(Neighbor-Joining,邻接法)等。,最大似然法)以及贝叶斯(Bayesian)推断等方法。

你好,NJ树(Neighbor Joining Tree)是一种构建进化树的方法,步骤如下:

1.计算距离矩阵。将所有的序列进行两两比对,计算出它们之间的距离。这里的距离可以是Jukes-Cantor距离、Kimura距离、p-distance距离等。

2.计算Q矩阵。将距离矩阵转化为Q矩阵,其中Q(i,j)表示将序列i和序列j合并时的加权平均距离。Q(i,j) = (n-2)d(i,j)-∑d(k,i)-∑d(k,j),其中n为序列总数,d(i,j)为序列i和序列j之间的距离,∑d(k,i)表示序列i与其他序列之间的距离之和,∑d(k,j)表示序列j与其他序列之间的距离之和。

3.选择最小的Q值。在Q矩阵中选择最小的Q值(记为Qmin),对应的序列i和序列j作为一对叶节点。

4.计算新节点。将序列i和序列j合并成一个新的节点k,计算k节点到其他节点的距离dk,kj和dk,ki。dk,kj = (1/2)d(i,j)+(1/(2(n-2)))∑d(i,k)-∑d(j,k),dk,ki = d(i,j)-dk,kj。

5.重构距离矩阵。根据k节点的加权平均距离和序列i、j到k的距离,重构距离矩阵。新的距离矩阵中,序列i和序列j被合并成了一个节点k,其他节点到k的距离需要重新计算。

6.重复步骤2-5。重复以上步骤,直到只剩下两个节点为止,最终形成NJ树。

注意事项:

1.在计算距离矩阵时,需要选择合适的模型和参数,以减小计算误差。

2.在选择最小的Q值时,需要考虑到多个Q值相等的情况,此时可以随机选择一个Q值。

到此,以上就是小编对于科技树智能矩阵的问题就介绍到这了,希望介绍关于科技树智能矩阵的2点解答对大家有用。

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